一、細(xì)菌沉積在管底，難以懸浮
現(xiàn)象描述：
在離心后，細(xì)菌沉積在管底，難以通過旋渦振蕩充分懸浮。
解決方法：
1.如果要收集超過一定量（如5ml）的細(xì)菌培養(yǎng)物，離心后可能難以懸浮，此時可嘗試用移液器吸頭吹打菌體沉淀，以懸浮細(xì)菌。
2.可以考慮降低離心速度，延長離心時間，例如改為3000rpm離心5分鐘收集菌體。
二、溶液過于粘稠或未呈現(xiàn)預(yù)期狀態(tài)
現(xiàn)象描述：
1.加入Buffer II后，溶液變得非常粘稠，無法流動。
2.加入Buffer II后，溶液未呈現(xiàn)粘稠的半透明狀，而是維持細(xì)菌在Buffer I中的渾濁狀，無粘滯感。
解決方法：
1.對于第一種情況，通常是因為細(xì)菌用量過多，請適當(dāng)減少細(xì)菌用量。
2.對于第二種情況，可能是細(xì)菌培養(yǎng)物中污染有大量的真菌，或者革蘭氏陽性細(xì)菌等不能被Buffer II所溶解的微生物。應(yīng)確保從新鮮制備的含抗生素的平板中挑取單克隆菌落接種培養(yǎng)，而非用甘油菌接種。
三、沉淀不能沉積到管底
現(xiàn)象描述：
離心后沉淀不能沉積到管底，呈膨脹物的形式懸浮在液體中。
解決方法：
這通常是由于加入Buffer N8（或類似試劑）后未充分中和所致。請翻轉(zhuǎn)離心管若干次（如10次）后再次離心。
四、質(zhì)粒DNA上樣電泳異常
現(xiàn)象描述：
質(zhì)粒DNA上樣電泳時，加入上樣孔的DNA溶液不能下沉，而是上浮飄散開來。
解決方法：
這通常是因為高速空離步驟沒有操作，導(dǎo)致洗脫的質(zhì)粒中乙醇含量過多。在洗脫后應(yīng)確保進(jìn)行高速空離步驟，以去除殘留的乙醇。
五、其他常見問題及解決方法
1.質(zhì)粒得率較低：
大腸桿菌老化：涂布平板培養(yǎng)后，重新挑選新菌落進(jìn)行液體培養(yǎng)。
質(zhì)粒拷貝數(shù)低：由于使用低拷貝數(shù)載體引起的質(zhì)粒DNA提取量低，可更換具有相同功能的高拷貝數(shù)載體。
菌體中無質(zhì)粒：有些質(zhì)粒本身不能在某些菌種中穩(wěn)定存在，經(jīng)多次轉(zhuǎn)接后有可能造成質(zhì)粒丟失。例如，柯斯質(zhì)粒在大腸桿菌中長期保存不穩(wěn)定，因此不要頻繁轉(zhuǎn)接，每次接種時應(yīng)接種單菌落。
堿裂解不充分：使用過多菌體培養(yǎng)液會導(dǎo)致菌體裂解不充分，可減少菌體用量或增加溶液的用量。
溶液使用不當(dāng)：如溶液2和3在溫度較低時可能出現(xiàn)渾濁，應(yīng)置于適當(dāng)溫度（如37℃或42℃）保溫片刻直至溶解為清亮的溶液后再使用。
吸附柱過載：不同產(chǎn)品中吸附柱吸附能力不同，如果需要提取的質(zhì)粒量很大，請分多次提取。
質(zhì)粒未全部溶解（尤其質(zhì)粒較大時）：洗脫溶解質(zhì)粒時，可適當(dāng)加溫或延長溶解時間。
洗脫體積太小或洗脫時間過短：隨著洗脫體積的增大回收率增高，但產(chǎn)品濃度降低。為了得到較高的回收率可以增大洗脫體積；洗脫時間對回收率也會有一定影響，洗脫時放置一段時間（如1分鐘）可達(dá)到較好的效果。
2.細(xì)菌離心加入溶液I后菌體狀態(tài)異常：
菌體呈絮狀不均勻或呈細(xì)砂狀：可能是細(xì)菌發(fā)生溶菌，可減少培養(yǎng)時間或者試試平板培養(yǎng)，質(zhì)粒提取前用PBS將菌落洗下。相較來說，固體培養(yǎng)基上細(xì)菌生長的要好一些。
菌液不宜生長太濃，搖床速度不宜過高，達(dá)到OD600 1.5左右即可。
質(zhì)粒小量提取試劑盒在使用過程中可能會遇到多種常見故障，但大多數(shù)問題都可以通過仔細(xì)閱讀說明書、規(guī)范操作步驟以及采取適當(dāng)?shù)慕鉀Q方法來避免或解決。如果問題依然存在，建議聯(lián)系試劑盒的生產(chǎn)商或相關(guān)技術(shù)支持團(tuán)隊尋求幫助。
